1999年10月19日，巨大陨石突然向地球飞来，落下并直接击中日本涉谷，周围地区因此毁灭，伤亡惨重，称为“涉谷陨石事件”。即使7年后，涉谷仍未复兴，并持续封锁中。
只是灾难并未就此结束，一切才刚开始。
陨石落下后，不明宇宙生物拟态成人类活动于城市中，不断杀害人类并繁殖，造成人们的恐慌。为了消灭这些被称为异虫(Worm)的生物，人类组成了一个秘密组织ZECT。但由于异虫拥有难以肉眼辨认的高速移动能力“Clock Up”，ZECT一再战败。最后的希望只剩下未及完成的武装系统Masked Rider System（假面骑士系统）。如果有能够装备这套系统，并运用自如的人出现，那么ZECT就能得到足够的力量和异虫对抗。
故事，就从一位ZECT蚁兵——风祭新说起。
和平的城市，突然被警报声所打破，ZECT的精英部队“幻影”迅速出动，乘坐装甲车向事故地点开去。
“幻影”的队长第切想坐在座位上埋头检查机枪剑，确认无误后，他转头看向风祭新：“新，这是你第一次执行任务，不要紧张，腰带系紧了吗？”
风祭新苦笑：“队长，这已经是你第三次问我了，放心吧，腰带系得牢牢的！”
“那就好！加快速度！目标：D5地区！”
很快，他们就到达了D5地区。那里是一个广场，可惜现在已经被冲破封锁区的异虫占领了。“幻影”迅速动作，从车上跳了下来。
“第一小队从左面包抄，第二小队从右面包抄，第三队绕路进行封锁，不能让一个异虫从广场上逃脱！”第切想转向风祭新，“新，咱们上吧！”
“是，队长！”
随着二人右手高举，一只机械杀人蜂和一只机械锹形虫出现在他们手上。
“变身！”“变身！”
随着腰带发出的“HENSHIN!”音效，两个人的身上迅速覆盖上一层装甲，变身成为假面骑士皇蜂与假面骑士钢斗。
“我们上！”
“明白！”
很快，普通蚁兵也用机枪剑将四散逃窜的异虫集中到了广场上，几乎每一轮扫射下去，都会带走几只，广场上到处都是腾起的绿烟。
风祭新用双肩上的光子炮拼命射击， 阻止对面的异虫靠近，第切想则利用体术的优势，对靠近的异虫施以铁拳的制裁，但是异虫越打越多，两个人开始吃不消了。
“报告！异虫、异虫开始蜕皮了！”其中一个蚁兵惊恐的喊道。
就像以这一声为信号一样，周围的异虫纷纷开始蜕皮。二人随后开启了clock up的能力。然而面对集群蜕皮的异虫大军，这根本于事无补。更糟的是，随着一声“clock over”的提示音，两人的生体时间加速宣告终止，局面开始混乱。精锐蚁兵纷纷被打倒，两人也由于跟不上异虫的超高速而被打倒在地，解除了变身。
就在一切即将走向绝望终焉之时，一个男人出现了。
风祭新努力把头扭向来人的方向：那个男人戴着一副近视眼镜，穿着一件套头帽衫，套着一条牛仔裤，运动鞋蹬在脚下。那个男人拿出腰带连接件按到腰上，随后拿出一只灰白色的机械鸟。
他缓缓开口：“无尽的搁置，总会让人忘记，原来我们也曾经在。变身！”
“HENSHIN！”随着音效的发出，男人身上迅速覆盖上装甲，与其他人的虫子不同，他身上这件给人以鸟类的感觉。
“喂！这里异虫太多，不能用clock up！”风祭新急的大吼。
男人发出一声轻笑：“我也没说要用clock up啊。Clock down！”
这时，令人惊奇的一幕出现了，所有异虫就在一瞬间突然显现出身形，有几只刚蜕皮的甚至直接被“冻结”在空中。
“这样的话，你们引以为豪的能力也无法使用了吧，”男人把鸟腿由与地面垂直改为与地面平行，“CAST OFF! ”
“Cast off！Change dove！”外部装甲像手雷破片一样飞溅而出，几只未完成蜕皮的异虫被外部装甲撞死，当场化为绿烟。
“那么，将你们的罪孽，化为史诗的终章吧！”
说完，那个男人向着虫群冲去，虫群碰到他，纷纷摔倒在地。
男人将鸟翼翻开，里面的双管微缩炮伸出。与此同时，男人的后背出现了光翼，直接带着他飞到半空中。
“BUCKLE SHOT！”伴随着男人与腰带同时喊出这句话，光弹从腰间的炮口射出，异虫身上被打出了火星儿，好多已经动弹不得。
最后男人将鸟翼拆下，放于右臂的嵌槽上。
“RIDER FLAP！”
伴随着他的怒吼，他身后的光翼不断拍打，箭一样的羽毛从光翼上脱出，触及到的蜕皮异虫纷纷变为一阵绿烟，生命就此终结。
男人缓缓降落在地面上，那只机械鸟从他的腰带上随着一声解脱音，被他收到胸兜内，装甲飘散，又是那个男人的样子。
“你叫什么名字？”第切想从地上爬了起来。
男人顺便从地上吧风祭新拉了起来：“我吗？我的名字叫富山哈斗，目前是个轻小说写手！”
“你为什么会有zecter！”第切想迫近富山，“zecter只有ZECT的成员才能拿到，你是什么人？”
富山哈斗一笑：“不是我选择了这只鸟，而是这只鸟——选择了我啊。”
三十分钟后，ZECT“幻影”整备处。
“队长！那家伙口气太中二了！”风祭新恨恨地把手中的果汁一饮而尽。
经过冗长的盘问，第切想终于还是无奈地放他走了。临走前，这家伙还把一个签名版丢给了他们。
“新，不要生气嘛，”第切想倒是笑眯眯的，“过来坐。”
风祭新依然愤愤不平：“因为这件事，市民对我们非常不满，指责我们不干正事，浪费纳税人的钱！队长！我忍不了！”
“忍不了了也得忍！我们是ZECT，不是意气用事的闲散人员！”第切想罕见的严肃起来，“说到底，我们毕竟是对应人员，如何打倒异虫才是我们需要做的，至于那个人的对应，不是我们能决定的。”
“那就放置他不管吗？”
“只要他不妨碍我们，不用管他。”
“是是。”风祭新叹了口气。
“好了，去写任务报告吧。”
“报告！第切队长！外面有人找！”
“就来！”
第切想应下，转头还不忘叮嘱风祭新：“别忘了写报告！”
“是，第切队长！”
第切想转头看向那个蚁兵：“带我去。”
“是！”
蚁兵敬了个礼，带着第切想队长向高层电梯走去。
很快，两个人就站在了ZECT高层办公室的门外，那个蚁兵做了个请的手势，第切想轻轻敲了敲门。
“进！”
第切想走了进去、轻轻鞠了一躬。
“好了，这下人到齐了，我们开会，”里面的高层人员客气地邀请第切想入座，“我先介绍一下，我叫佐藤剑，这是甲斗的适能者总司，这是雷蜓的适能者虚川大介，这位是剑蝎的适能者毒岛剑，大家互相认识一下吧。”
“等等，阁下。也就是说，现有的所有ZECTER的适能者都在这儿吗？”
“理论上是的。”
“那风祭为什么没有出席，之前的蚁兵也完全没告诉我。”
佐藤剑微微一笑：“这个等开完会我再给你解释，现在我们先开会。”
第切想满头雾水地坐了下来，佐藤剑继续他的开场白：
“今天把大家找过来只是为了一件事，那就是异虫的打倒。之前第切队长外出执行公务的时候，碰上了集体蜕皮的异虫，这让我们陷入苦战。更糟的是，经过本部对异虫集体蜕皮地点的分析，我们发现了一个惊人的秘密，大家看这里，”佐藤剑把一张图片投影到白墙上，“这是ZECT小型支援侦察机拍到的画面，可以看到，异虫簇拥着一个十分高大的蜕皮异虫，这就是我们本次的目标——识别代号：异虫王。”
虚川举起了手：“那个，头目？有一个地方我没太明白。”
“说。”
“打完这只虫子，我们和异虫之间的战争是不是就结束了。”
佐藤剑苦笑：“怎么可能？涩谷封闭区可是现在还没开放呢，说不定里面就会出现强得乱七八糟的家伙啊。”
会议室的气氛瞬间就冷了下来。
佐藤剑尴尬地清了清嗓子：“咳咳，不过也不用担心，至少现在那里还没有什么大的动静，所以……至少目前来说，那里是安全的。”
“也就是说，我们只要把那只虫王打败就行了……对吧？”总司问道。
“对，那今天就到这里吧，大家除了第切队长可以先走了。”
一会儿工夫，会议室只剩佐藤剑和第切想。
“您要和我说什么？”
“关于风祭的事情，”佐藤剑走到咖啡机边，“要咖啡吗？”
说完也不管第切想如何反应，把一杯咖啡放在了他面前。
“事情，要从很久很久以前说起。那是昭和年间， ISS社启动了一系列生化改造士兵计划，这个计划的其中一名志愿者，叫做风祭真，他是个摩托车手，被改造之后经历了至亲去世与爱人死亡，他逃到了下水道之中，CIA给他的代号是：假面骑士（Masked Rider）。”
“然后？这和新有什么关系？”
“风祭真的爱人的腹内依然存活着一匹生物，代号为‘Rider Baby’。他的名字，就是风祭新。”
第切想发出类似呻吟的声音：“怎么会这样，那他是……”
“啊啊，他是改造人类。”
“所以，上级的论断呢？”
“上级的意思新由于是改造人，身体可能会出现问题，要关注他的健康。这个重担就交给你了，队长。”
“明白，那没什么事我就先离开了。”
佐藤剑点点头，第切想礼貌的鞠了一躬，默默离开了。
时间飞速流逝，一个月很快就过去了。所谓的王一直没有露头，甚至如同D5地区的袭击再也没发生过，仿佛之前的大规模袭击和新的假面骑士就像ZECT人员做的一场弥天大梦。但是ZECT的高层还算理智：穿着白色强化服的训练生加紧训练，街道上巡逻的一般蚁兵多了起来，就连身上有金色的线条配饰的“幻影”部队的巡逻力度也加大了。
这一天也和往常一样，风祭新正在整理装备，就在这时，风螺音突然响起！
“全体注意！全体注意！在E9地区发现大量异虫！幻影部队请迅速出动！重复！幻影部队请迅速出动！……”
风祭新腾地一下站了起来就要穿装备出去，第切想却把他叫住了：“风祭，今天的任务，你就不要参加了。”
“为什么？”风祭新不解。
“上级认为你现在的身体情况不适合出任务？”
“啥？队长！我很健康！”
“总之，今天就不要出任务了，在这里好好呆着！”
门关上了，风祭新被关在了里面。
第切想面对着自己的部队：“幻影出动！”
很快，他们到达了任务地点。E9位于闹市区，正是一个双向十车道的交叉路口，异虫如潮水一样，训练生和一般成员已经交战了。
“A小队从左方包抄，支援训练生他们，B小队从后方绕过去，把他们赶到这里！C小队全体上刺刀，准备白刃战！”第切想冷静的下完命令，右手举过头顶，“变身！”
机械杀人蜂迅速飞了过来，第切想一把抓住，按在左腕上的变身器上：“变身！”
“HENSHIN!”一层装甲迅速覆盖上第切想。
“C小队，跟我上！”
幻影蚁兵跟着第切想，冲进了异虫的阵营，局面立刻向着有利的方面发展。
然而，就在他们还没来得及高兴的时候，异变陡生！现场突然传来大声的虫鸣，一这声虫鸣为信号，在场的异虫纷纷开始蜕皮，不仅如此，这声虫鸣让第切想和蚁兵们的动作像灌了铅一样沉重，就连扳动变身器都做不到。没多一会，他们就纷纷被打倒在地。第切想连忙大呼撤退，然而生体时间加速后的异虫有恃无恐，有两名蚁兵由于躲避不及时，被蜕皮异虫杀害，现场一片混乱。
就在这时，富山哈斗的声音响了起来：“对付虫子的最佳方法，除了农药和益虫，天敌也要在考虑范围之内呢。变身！”
“HENSHIN!”
“Cast off!”富山哈斗扳动鸽子腿，装甲弹开，一双发光的翅膀在他身后若隐若现。
“Clock down！”富山哈斗的喊声带动了腰带的响应，一瞬间周围异虫的动作变得十分迟钝，甚至有几只就像静止了一样，富山哈斗翻开腰带：“BUCKLE SHOT!”
很快，广场上的异虫就被消灭了大半。
“什么吗？不过如此……”富山哈斗话还没说完就被一只加速到看不清的异虫撞飞，重重摔到一辆吉普车上，把挡风玻璃撞了个稀烂。
“可恶！Clock up！唔！……”富山哈斗刚想爬起来，一阵电弧从他的身上跳过，富山哈斗被电，当场失去意识，重重地摔在地上。
至于那只异虫离开之后，已经是三小时之后的事了。
