Apocrypha线解锁条件：达成Eclipse线或Paradise线（小说线）的任意结局，即至少已完成一周目。
章节一
第一场
1. 童梦的开场白：经历了悲惨的命运，见证了世界的终结，如果还有重来的机会，一定要改变这一切。接着，与一周目一样，是在课堂上醒来的一幕。只不过，这一次唤醒她的是“预兆的声音”。
2. 这天晚上要与露娜一起狩猎食尸鬼，放学后童梦回家做准备。在家看到镜子中的自己，似乎有一种微妙的感觉，但没有发现其它异样。（家里的场景和一周目有所不同，表示这不是原本的时间线，细心的玩家可能会察觉。）
第二场
3. 晚上的猎魔行动中，童话“预判”到了百臂巨人的出现（一周目猎杀食尸鬼时的意外插曲：有更强大的魔物闯入）。解决战斗后露娜问起，童梦只说是直觉，没有提及是“声音”的提示。
第三场
4. 周末，露娜和一周目一样，邀请童梦去小木屋。“声音”提醒她别去（因为会遇到眷族），同时，也感觉到巨大的不适和危机感。童梦可以选择去，也可以选择不去。选择不去则进入Apocrypha线，去则进入Paradise/Eclipse线。
5. 虽然没有前往小木屋，但眷族并没有放过她。次日，她与灵异侦探部的方芹一起为万圣节社团活动做准备的时候，眷族还是找上门来。这回身边没有圣女在，无辜的方芹却被卷了进来，于是童梦不再是被保护者，而是成为了保护者，这反倒激发出了勇气和潜能。
6. 童梦的身上显现出伊莎贝尔的圣痕（一周目获取），用改变时间流速的异能与眷族周旋（比如即将被扑到的时候，魔物的行动突然变成慢动作）。但此时的她还控制不好，所以无法变身，也无力回击。
7. 在和眷族周旋的过程中，她发现对方好像只对自己感兴趣，于是提议与方芹分头行动，这一策略果然让方芹摆脱了危险，而她自己却处境不妙。危急关头她再次听到了“声音”，但这一次，“声音”却把她引向了死胡同。身陷绝境的她力量觉醒，爆发出的能量瞬间秒杀了眷族。
8. 感知到了混沌能量的露娜和伊甸恰好一起赶到，看到了圣女形态的童梦，以及眷族的残骸。
9. 战斗结束后，方芹说自己早知道一定会有超自然生物的存在，而且也一定会有人与它们对抗，只是没想到真正的“魔物猎人”就在身边。虽然觉得有些遗憾，但方芹还是同意她们清除自己的记忆。
10. 随后，一直在招募圣女的辉夜邀请露娜和童梦去庇护所。
第四场
11. 辉夜向她们介绍了圣女和天使的使命，以及恶魔可能逃脱的现状（略写即可，一周目都介绍过）。童梦感到十分熟悉，好像在哪里听过。
12. 辉夜说出自己的计划：招募足够多的圣女，一旦恶魔逃脱便合力击杀。童梦表示反对。
13. 童梦说，杀死恶魔会导致不可预料的世界规则畸变，而且杀死一个很快就会出现下一个，这样一来，世界规则很快就会瓦解。所以最好的办法是继续囚禁恶魔，直至转机出现。而且她预感到很快就会有变数。
14. 当被问及如何知道这些事时，她说听到了“未来的声音”。
15. 美耶认为是无稽之谈，露娜也表示怀疑，但辉夜选择相信。她认为，童梦可能是另一位先知。虽然先知死后才会有下一位出现，但两年前自己的确“死”过一次。况且，辉夜知道有些先知的确是通过听觉来感知神谕的。
16. 于是，计划变更为由拥有时间系异能的童梦接替守密人，为囚禁恶魔的牢笼供能，好长时间困住恶魔。
17. 但是，童梦目前还不够强大，需要打怪练级，辉夜让伊甸协助她。
章节二
第一场
1. 章节开头依旧是童梦的独白。她说，感觉到世界变得不一样了（暗示时间线被改写）。注：此时，童梦因为觉醒时释放了大量能量，现在还在休整阶段，没有马上开始打怪练级之旅。现阶段还是以日常戏为主。
2. 露娜没想到的是，伊甸直接转学到了市立三山中，且与童梦同班（而她自己在隔壁班）。但这次，赶在露娜开始吃醋前，童梦先向她强调了伊甸的弱势一面：曾经一度远离了普通人的生活，且要定期接受治疗（上一章中辉夜告诉她们）。童梦还提出，要和露娜一起帮助伊甸融入三山市。于是，露娜的嫉妒一大部分变成了同情，而她自己也成了热心的帮助者。
第二场
3. 原本做好了计划，想带伊甸好好出去玩的露娜，自己却先遇到了麻烦。上次隐瞒的考试成绩被发现，所以这次如果再考砸就会被禁足。于是，事情就演变成了伊甸和童梦辅导露娜，帮助她应对考试。
4. 伊甸的讲解耐心且有条理，所以露娜也进步神速。最终，在伊甸和童梦的帮助下露娜勉强过关。
第三场5. 渡过了禁足危机后，三个人一块出去玩。去了漫展和游戏厅还有鬼屋、水族馆之类。大家都很开心。不同于Paradise线上的童梦，露娜很好地带动了伊甸的情绪，但后者似乎仍然有着某种隐忧。6. 晚上，在露娜的怂恿之下，三个人一起逃票（因为没买到票）溜进了某个露天演出的现场。这是童梦第一次做这么离谱的事，但还是很欣慰，她感觉到露娜和伊甸真的成了好朋友，但不知为何，她自己潜意识里却想要抽离出来。 第四场7. 回家路上，她们看到了机器人展的海报，得知不久后的某天将在三山市某处展出家用的机器人伙伴（主要用来陪孩子）以及某种大型机器人。三个人相约一起去看（露娜也向童梦承诺不再逃票）。8. 紧接着，她们就卷入了一起魔物侵袭事件。这次出场的魔物是巴风特，看到它的时候，伊甸的神色表现出异样。9. 露娜和伊甸合力击退了魔物，但现场的一个小女孩遇险。伊甸拼尽全力想要保护女孩，但却没能做到。女孩受伤昏迷，让伊甸十分自责，虽然她自己也受了重伤。10. 三人一起到医院瞧瞧看望女孩，只听女孩的父亲忏悔说：这都是自己的报应，却没想到发生在女儿身上。第二天，伊甸没有来上学，只是托辉夜告诉她们，她还是想住在庇护所。这令童梦和露娜大为失落。 第五场11. 就这样过了几天，露娜终于沉不住气，拉上童梦去庇护所找辉夜想问个究竟。12. 辉夜向她们诉说了伊甸的过去（伊甸叫她说的，因为没勇气自己说）：伊甸曾经没有感情和善恶观，犯下了一些错误，而且现在拼了命地救人就是为了赎罪。13. 她还说到了巴风特。过去的伊甸在一次猎魔中，为了击杀魔物而误伤了一个少女（当然，那时候的伊甸毫无愧疚）而少女的父亲一直在找她复仇（对方已经被清除了记忆，但依然记得她，而且慢慢地全部想了起来）。在发现凡人完全无法与圣女抗衡后，他借助邪教的黑魔法把自己变成了巴风特（这里提到巴风特是一种污秽的灵体，但可以实体化）。14. 当那位成为巴风特的父亲再次找到伊甸时，她已经被“禁果”治好，但还是不得不将对方杀死（彼时，巴风特威胁着很多人的安全，而且彻底失去了心智）。这件事也成为了伊甸心头挥之不去的阴影。（这一段是伊甸个人短篇“原罪之章”中的剧情。）15. 所有的巴风特都是因为强大的执念而求助于黑魔法的魔物。所以，另一只巴风特的出现，也唤起了伊甸心头的旧日阴影，再加上小女孩的受伤以及女孩父亲的绝望，伊甸失去了回到普通人生活的信心。 第六场16. 为了帮助伊甸，童梦和露娜一起追踪逃跑的巴风特，却一无所获，因为巴风特隐藏的时候无法用感知混沌的方式追踪。她们只知道：巴风特的行动一定与某种执念有关，所以弄清巴风特的执念是什么，就成了行动的关键。17. 童梦在调查中起到了决定性的作用。毫无头绪的情况下，她认为昏迷的小女孩是一个突破口。她发现，女孩的父亲是机器人领域的专家，而且与接下来的机器人展有关。结合前几天看到的某人自杀的新闻，童梦想到了什么。于是到自杀的地点调查了一番，得出了自己的结论。 第七场18. 不久后，机器人展如期开始，巴风特也如童梦所料出现在会场。19. 先前，童梦问过女孩的父亲，得知他窃取了昔日同事的成果制造了陪伴型机器人（或者是两人之间存在理念分歧，导致同事被排除在外），又用诡计让对方在业内身败名裂。童梦了解到，那位同事正是新闻中自杀者，而在现场找到了灵外质（灵体和实体相互转换时生成的物质），所以猜测巴风特会在展会现场出现，目标可能是杀死女孩的父亲，或是毁掉成果之类。20. 童梦、伊甸和露娜再次联手，彻底击败了巴风特。过程中，童梦用时间的异能减缓了屋顶的崩塌，好让露娜有时间疏散人群。21. 最后在巴风特孤注一掷想要毁灭一切的时候（可能是用自爆的方式），被伊甸亲手杀死，在场的所有人也因此得救。 第八场22. 事件就此平息下去，在辉夜的帮助下清除了在场民众的记忆，机器人展的事件也被包装成某种意外。23. 三人再次去医院看望女孩的时候，她终于醒了。而且即使在被清除过记忆的前提下，也依然记得是伊甸救了她，说伊甸是天使。听后伊甸热泪盈眶，心结也总算解开。 章节三
第一场1. 开场，日本的某市，一个少年模样的人在自己的房间里咒骂着某人，电脑屏幕上出现了咒骂对象的照片：那是一个名叫相川真纪的女人。由于房间里光线太暗的缘故，看不清少年的长相。随后，少年的身后出现了一个鬼影。2. 视角回到三山市，花店的日常。巴风特的事件结束之后，伊甸解开了心结，在店里帮忙，她在花艺方面的天赋令童梦惊叹。3. 随后，露娜也来到花店，她提议到庇护所看看，觉得童梦或许已经做好了与杜兰达尔一块行动的准备。 第二场4. 她们到了庇护所，发现丽贝卡正在和美耶吵架（丽贝卡这是在Apocrypha线第一次出场，但童梦和露娜都听说过她）。美耶直接自己走了，就留下丽贝卡一个人。5. 童梦是第一次见到丽贝卡，但好像有说不出的熟稔感。大家询问争吵的原因，丽贝卡说，过去她和美耶都是一块行动的，而最近美耶总是不带她玩。后来她们问了辉夜，得知美耶最近在查的案子发生在她自己的家乡（暂时定名为“星川市”），所以想一个人解决。 第三场6. 知道美耶的调查陷入僵局以后，童梦、伊甸、露娜和丽贝卡一起去了星川市，想帮助美耶解决掉案子，但一开始先瞒着她，免得她生气。7. 她们了解到了案子的情况：不久前，有一个虐杀了儿童的罪犯被判了无期，最后离奇死在了狱中。不久又有一个名叫相川真纪的女人以同样的方式在家里死去，这人曾经见死不救导致好友死亡。看到这些，丽贝卡觉得“像是有什么东西在行侠仗义。”8. 她们也去调查了现场，虽然有残余的混沌足迹，但都是莫名其妙出现，毫无征兆地消失，完全没法追踪。她们都没有见过这种情况，于是，追踪混沌的传统手法在这里派不上用场，这也正是美耶的调查陷入僵局的原因。9. 几个人在据点（丽贝卡找的酒店）在开作战会议的时候，露娜发现了重要线索（这时候丽贝卡总是开小差，把作战会议变成了女子会的氛围）：有一个匿名者在论坛上宣称杀死了那个X侵儿童的罪犯；一开始没人当回事，但他随后说，下一个会是相川真纪，这一次应验了以后，贴子的人气开始高了起来。10. 她们中有人觉得是巧合，有人觉得找到匿名者就有了答案。不过无论如何，她们也没有任何手段能够追踪到匿名者的线索。这时候，童梦似乎很反常地不太专注，总是在低头打字什么的（这是伏笔），于是还被露娜埋怨了。接着，童梦又一次听到了“预兆”的声音，这回只有一个词：石楠花。11. 童梦把石楠花和案件的细节一起搜索，搜到了第一起类似的事件其实不是发生在监狱里，而是名叫“石楠花”的孤儿院。那里的院长也在前不久莫名死亡（刚好在匿名者出现之前），而之前院长卷入了某个丑闻。 第四场12. 于是她们兵分两路，童梦、伊甸和露娜去调查孤儿院；而丽贝卡去求助当地的教团势力，看能不能追查到匿名者。13. 三人组假装是志愿者混入了孤儿院，可惜一无所获，任何地方都没有异常，这本来就有点尴尬了，而且她们在准备离开的时候还碰到了美耶。她们说是来调查的，而美耶却不肯说自己为啥来这里（其实是因为小时候住这里，所以才忍不住回来看看）。14. 就在气氛变得焦灼的时候，一个叫绫子的女子登场（大约比她们几个大几岁）。她一看到美耶就打招呼，美耶也觉得自己好像认识她，但总也想不起来是谁。于是绫子吐槽美耶很绝情，小时候她们关系明明最好了。这时一些似乎不属于自己的记忆片段开始在美耶脑海中闪回。她明明记得小时候唯一对她好的人是安藤老师（后来被魔物啃死了）。于是记忆开始混乱……15. 绫子说，小时候她们总是玩在一起，但某天美耶毫无征兆地消失了，据说是逃走了，当时绫子非常非常失落。美耶开始头疼，伙伴们看她显得很不舒服的样子，就先带她离开了孤儿院。不过，她没有跟着她们回到丽贝卡安排的据点，而是一个人跟着绫子。16. 大概是在一个公园之类的地方，绫子发现美耶跟着她，于是两个人干脆开始聊过去的事。绫子说“像她们这样的人”（指童年缺失的孤儿）要获得社会的认同要付出更多的努力，好在自己最近混得还不错。她也问了美耶的情况，美耶当然不可能实话实说。发现美耶有难言之隐的时候，对方也只是表示，相信她的将来一定会很好。17. 与绫子分开后，美耶在没人的地方召唤出天使，想问他究竟怎么回事。可是天使还没来得及说出真相，丽贝卡就赶来找她了。原来，听说美耶不舒服她非常担心，于是就到这一带来找了。接着，丽贝卡带着美耶回到了酒店。丽贝卡那边也不顺利，没能追查到IP地址，所以大家还得继续开作战会议，那个融洽的氛围倒是让美耶有了一些不一样的感触。 第五场18. 接着，又是一起预告作案，目标是一个当红明星。近期会在当地有一个活动什么的，于是众人行动起来，想设法阻止下一场悲剧。19. 露娜是这个明星的粉丝，所以特别上心。她知道这个明星一直有“宠粉”的人设（但丽贝卡指出这个人似乎也有不少丑闻，露娜表示都是对家的攻击），所以叫童梦假装受伤的粉丝（叫童梦诈伤是因为“你看起来比较弱啊”），试图在活动开始前接近明星。可没想到，明星不但对她们很刻薄，还直接叫了保安……（补充：过程中童梦只要有空就一直在玩手机，这是一反常态的举动。）20. 后来魔物果然出现，混乱中，大家救下了明星，但美耶的关键一击没能KO掉魔物，让它逃跑了。21. 有些沮丧的丽贝卡抱怨说：你在犹豫什么啊，这可不像你！这时候，美耶的天使也出现，表示：这的确不像是美耶。天使说，自从孤儿院那件事以后，他和美耶之间的共鸣似乎消失了，对美耶说：你正在被一些无关紧要的事情拖累。22. 在美耶的命令下，天使说出了虚构记忆的真相（在这里不再赘述），众人都十分震惊，而美耶则一个人离去了。由于隐藏了灵力的缘故，丽贝卡怎样都找不到她。 第六场23. 另一方面，由于明星和他身边的人都被清除了记忆，袭击事件没引起任何的波澜，匿名者被当成了哗众取宠的小丑。他气急败坏地说，下一个会是更大的目标，但这次不会有预告了（改为杀死之后，在现场留下自己的记号），因为他觉得关注贴子的人里面有人在阻止自己伸张正义。于是，线索又断了，没人知道他的下一个目标会是谁，有污点的人毕竟太多。24. 这时候，童梦突然说自己知道下一个是谁了。大家问：难道又是听到了“声音”？她说不是，但是来不及解释了，因为袭击就在一个小时以后。25. 另一边，美耶去了绫子家里（上次交谈中提到了大概的位置，一靠近那个地方，美耶就感知到混沌，于是找到了具体的地址），刚好发现她在操控魔物。26. 由于力量削弱的缘故，美耶被绫子制服。但问及绫子为什么要这么做的时候，绫子说，正是因为有那些恶人的存在，她们才会成为孤儿。而且，她也尝试过融入社会，但压根得不到任何人的认同，在哪里都被排挤和欺负，只有伸张正义的时候除外，只有在操控魔物作案的时候，她觉得自己成了神。（其实开场的那个所谓的少年就是用了变声器的绫子。）27. 绫子说，一开始她只是偶然捡到了一个瓶子之类的容器，发现里面藏着一个魔物。她支配魔物惩罚了院长，然后是其他被她认为该死的恶人。现在已经有点上瘾了，而每一次支配魔物，她自己都会与魔物融合一些，到现在已经几乎是一体了。美耶劝说她放弃，但她则觉得美耶才没资格说她（好像确实没资格）。 第七场28. 绫子把美耶囚禁在自己家里之后，就去狩猎下一个目标：某个劣迹斑斑的富豪。29. 找到目标的时候，童梦她们早就在那里等着了。原来，童梦从一开始就一直和匿名者互动，不断对他表示理解，恭维他，甚至扮演着他的信徒和追随者。在匿名者被大家打成小丑的时候，也对他表现出100%的支持。赢得了匿名者信任的童梦，就直接从犯人的口中得知了下一个目标是谁（回收伏笔）。30. 恼羞成怒的绫子（此时已经和魔物合体，所以只能自己去，不能远程操控）发起了攻击，由于被瓶子之类的容器封印的魔物十分强大（大概是一个小恶魔级别的东西），所以一度压制了圣女们。31. 另一边的美耶也反思自己的过往，一方面也担心绫子会走上不归路，另一方面也觉得伙伴们肯定会不计代价阻止绫子，也可能因此陷入险境，所以重新接纳了天使的力量。此时，她战斗的理由似乎已经不再是复仇那么简单了。32. 重获力量的美耶摆脱了束缚，赶到了战场。这时候，圣女们已经被绫子压制，但美耶的加入扭转了战局。33. 最终众人打败了绫子，在她彻底失去自我意识之前杀死魔物。最后所有人都得救，美耶自己的心结也被解开。 章节四
第一场
1）章节开头，是与讨伐邪教召唤物“暗影蠕虫”的战斗。巨大的蠕虫BOSS在向某处守密人的藏身处发起进攻，圣女们和猎兵团联手将其击败，操纵蠕虫的邪教头目“虫师”负伤而逃。
2）过程中，圣女们（尤其是丽贝卡）与猎兵团的核心成员诺拉合作得十分默契，也赢得了彼此的尊重，诺拉和丽贝卡更是成了朋友。诺拉是卢卡斯的未婚妻，来自教团的另一个大家族，但卢卡斯有点怕她。虽然猎兵团的骨干与圣女交好让卢卡斯不爽，但他也无可奈何。
3）从诺拉口中，圣女们得知了猎兵团的计划——由几个强大的魔法使担任“铸剑人”，以身体为媒介将能量传导到悬在索德玛拉上空的武器“惩戒之剑”中，一旦恶魔逃脱，就用这件武器杀死它（E线和P线中，“惩戒之剑”都摧毁了恶魔的肉体，但也都没能把它彻底消灭）。
第二场
4）战斗结束后，圣女同伴们给童梦准备了一个惊喜：她忘记了自己的生日，但露娜记得，于是大家都送上了各自的礼物，包括美耶。从这里可以看出美耶心态的转变。虽然童梦很感动，但潜意识还是提醒着她：要抽离出来。
5）丽贝卡回家的时候，刚好约书亚也回来了。她对他说起让童梦接替守密人为时间牢笼供能的计划时，约书亚表示担忧，但不置可否。其实，他心底里已经将童梦视为障碍，毕竟他的真实目的是释放恶魔。
6）深夜，是约书亚独处的一场戏。一个神秘的身影（其实是感染了混沌之后看到的幻象，P线和E线也有）嘲讽说：童梦会是个难缠的对手。而约书亚说，他不相信一个初出茅庐的小丫头能够承担得起那样的重任，所以抓紧时间就够了。而且，如果有必要的话，他会除掉她。
（注：这条线上，辉夜主动向教团寻求了合作，于是教团就没有派遣约书亚前去谈判。）
第三场（考虑是否保留）
7）接着是一段万圣节的日常（童梦的生日是10月30日，紧接着就是万圣节）。露娜邀请美耶和丽贝卡她们来到三山市，参加了化装舞会，众人的感情进一步增进。
8）以童梦的独白作为这一场的结尾：虽然故作轻松，但她一直知道，终究还是要面临考验的。
第四场
9）不久后，童梦觉得自己准备好了，于是前往索德玛拉尝试与禁果（即囚禁时间牢笼最初的能力载体，目前也是最重要的载体）共鸣，这是她为牢笼供能的先决条件。
10）如今，禁果周围已经蓄积了巨量的黑暗，那是当初百万罹难者死前的恐惧、痛苦和绝望凝结而成的，与禁果共鸣就意味着要同时承受这些。
11）童梦在辉夜的帮助下开始共鸣，但仅仅过了几秒钟就败下阵来，且失去了知觉，毕竟如此强大的负面情绪不是人类所能承受的，童梦也是因为天使的保护，灵魂才没有受到不可逆的损伤。
第五场
12）回到庇护所，助祭古谷奏（教团最好的医者之一）治疗童梦的身体，而辉夜治疗她的心灵。总而言之，童梦没有大碍，只是陷入了消沉。
13）丽贝卡用约书亚小时候哄她开心的方式哄童梦，被古谷奏斥为笨蛋，但童梦还是被逗笑了，并且说很羡慕有个好哥哥。童梦还说也一直想要有兄弟姐妹（露娜插嘴道：我不就是你的兄弟吗；而伊甸不自觉吐槽道：为什么不是姐妹）。
14）但丽贝卡也吐槽说，约书亚小时候也是正常的孩子，而且很有趣，但现在却变成了非常古板的家伙，都是受了所谓家族使命的拖累。
15）交谈的氛围平和融洽，而当童梦说起还想要再次尝试共鸣的时候，露娜立场坚定地反对，并且要童梦答应再也不要有这个想法，童梦只好口头上应允。此外，童梦还听说辉夜也打算改变计划，这让她感到忧虑。
16）童梦陷入了低迷的情绪，同时也感到迷茫。她对自己的计划也产生了怀疑，毕竟自己也不确定有没有勇气和能力承担共鸣的重压。她希望能够得到“声音”的指引，但后来很长一段时间都没有再听到（因为灵魂受伤的缘故）。
