2015年，在天之川研究所，研究一如既往地进行着。
三年前，天之川研究所发现了一种特殊的能量。他们将其称为“宇宙能量”。这种能量的来源和本质一直是个谜。研究所的地下埋藏着吸引并汇聚宇宙能量的设备，研究者们将宇宙能量提取出来，研究储存和使用它们的微型设备——天文开关。启动开关后，宇宙能量就会具象化成对应的道具。
今天是天文开关一期研究的最后一个设备——电力开关测试的日子。研究所所长歌星绿郎亲自测试这个开关。他从副所长江本州辉手上接过发挥这些开关的能力的设备——卌骑驱动器，走进测试间。
歌星绿郎按下安在卌骑驱动器上的四个开关的按钮，拉动侧面的拉杆。伴随着蒸汽和白光，歌星绿郎身上显现出白色的装甲，变成通称“假面骑士卌骑”的特殊战士。
旁边监控室的研究员确定设备运作正常、歌星绿郎身体无碍之后，用话筒告诉歌星绿郎道：“实验开始。”
卌骑取下火箭开关，换上电力开关，并把拉杆推向另一边。开关中蕴藏的宇宙能量具象化成武器『电击长棍』，还影响到了装甲，使其变成了金黄色。这便是卌骑电力形态。
研究员按下键盘的回车键，卌骑身后的墙壁便伸出发射器，向卌骑发射金属弹丸。卌骑感受到空气的波动，瞬间转身，斩断金属弹丸。研究员增加发射器的数量和发射的频率，但这对于卌骑而言并无大碍。他很轻松地斩断了所有的金属弹丸。
卌骑关掉开关，取下驱动器，变回歌星绿郎。副所长江本州辉宣布道：“实验成功！”
短暂的兴奋后，研究员们继续投入工作之中。光是研究宇宙能量本身的性质和如何利用宇宙能量制造天文开关就花了他们两年，接下来还需要很多时间去设计、研发和测试天文开关。
但他们已经没有办法再研究下去了。不久后，神秘的怪兽——巴提克突然降临，以碾压所有人类武器的攻势席卷全球，世界迅速沦陷。“大社”迅速建立，在最后的人类聚居地研发出“勇者系统”，与巴提克做最后拼搏。
此后，300年过去，历代勇者们经过不懈努力，最终在末代勇者结城友奈等人的不懈努力下，幕后黑手——所谓的天神被彻底击破，终结了这段屈辱的历史。
然后，故纸堆中的宇宙能量研究，也被重新拾起。但这次，与希望利用宇宙能量造福人类的歌星绿郎不同，现在的研究者打算用宇宙能量统治这个百废待兴的世界。
在光线昏暗的秘密研究所——昴星研究所里，研究员们正在忙碌着。新的流星驱动器和流星开关刚通过测试，一位研究员打开玻璃柜，将它们和重新研发出来的卌骑驱动器以及已经研制好的30个天文开关放在一起。
在另一间密室里，有一个玻璃柜，里面放着昴星研究所的新成果——星徒开关。星徒开关里蕴藏着全天星座的能力，它可以直接作用于人，让人变成名叫“星徒”的形态。而在研究室里，研究员们正在处理已经报废许久的费米望远镜里的数据。
在巴提克入侵之初，歌星绿郎就通过各种手段回收了费米望远镜，将它和其中的数据一并保存在某个种子库中。昴星研究所根据歌川绿郎的遗书找到了望远镜，他们打算取得其中的全天高能射线源组成的星座的数据，制造出更强大的伽马星徒开关。
突然，一个东西打破窗户，飞进研究室。没等他们反应过来，那个东西就突然炸开，迸射出明亮的闪光。
随后，一群全副武装的士兵从门窗冲进研究所，控制住在场的所有人。几个反应及时的研究员冲进星徒开关保存室，用安全锤打破玻璃，拿出两个伽马星徒开关试做型。他们按下开关，两人的身体被黑雾笼罩，黑雾中的光点构成对应的星座，它们分散到身体各处，黑雾散去，露出变身后两人的外貌。
两个士兵持枪靠近，其中一个士兵冲着对讲机说道：“对方变身成小王子座和哥斯拉座星徒，请求支援！”
哥斯拉座星徒从胸口的血红色晶体中发射原子射线，两个士兵忙往旁边躲开。哥斯拉座星徒趁机关上门，准备和小王子座星徒一起把星徒开关全部卷走。
然而，就在他们打开柜子，准备拿走全部星徒开关时，他们头顶的天花板突然被打破，两人立即转身，却马上被一记回旋踢扫倒。
两个星徒站起身，发现一个陌生的身影站在面前。两人立即冲上去，对方却毫不闪躲，反而一拳打在哥斯拉座星徒胸口，又一拳打在小王子座星徒胸前。两个星徒连连后退。因为他们使用的伽马星徒开关是试做型，因此他们正要再上前攻击时，却突然感到胸口一紧，捂着胸口，半跪在地上。
“火箭，开！”
对方右手出现橙色的火箭组件。她一跃而起，借助火箭组件的推力，向两个星徒发出强力飞踢。强大的威力直接击破他们的躯体而使他们爆炸，伽马星徒开关试做型从烟尘中滚落到她脚边。
所有研究员都已经被控制住，带离研究所。还有一些运输兵正在将费米望远镜的残骸移到卡车上。此时，一个银色的战士提着两个研究员的衣领和一个手提箱，从研究所正门走出来。医疗兵抬着担架上前，她把两个研究员放上担架，医疗兵把他们抬上救护车，向医疗中心开去。
银色战士关掉驱动器上的开关，取下驱动器，解除装甲。面具下的人是一个看上去普普通通的少女，金色的长发在阳光下仿佛有金屑飘落一般。她把手上的箱子递给身旁的女性大赦成员，从衣兜里拿出哥斯拉座和小王子座的星徒开关，将其按下。因为只有首个使用者才能再次用星徒开关变身，所以在她按下开关后，开关就冒出火花，然后仿佛被黑洞吞噬一般从她手上消失。这时，她的手机响了起来。
“抚子驱动器用起来感觉如何，园子？”
“感觉太棒了！不愧是你啊，风前辈！”
抚子驱动器，是科学家犬吠埼风根据已知情报，制造出的卌骑驱动器模仿品。大赦的领导人乃木园子使用这个驱动器，变成假面骑士抚子。虽然没有卌骑那么强，但也比一般星徒强大数倍。
乃木园子坐上车，和老友打着电话，离开了现场。那个女性大赦成员佐久间珠惠望着乃木园子乘坐的车远离的身影，若有所思。
第二天早上，在“昴星研究所被大赦攻破”的新闻发布会上，乃木园子解释了昴星研究所的阴谋，并表示在那里收缴的星徒开关缺失了一部分，他们会尽快回收并销毁这些开关。结束后，乃木园子收到了大赦的天文研究所的消息。
“乃木大人，我们已经确定了两个驱动器的最佳人选。”
“是吗？那他们是谁呢？”
“您的朋友，结城友奈和东乡美森。”
“啊，果然是她们俩吗？那就赶紧把驱动器和开关送过去吧，我待会让人把她们的实时位置发给你们。”
结城友奈和东乡美森现在正在调查九州岛的受灾情况。乃木园子挂掉电话后，便向此项任务的总负责人发短信询问她们的所在地。得到回信后，她正想将其发给研究所负责人，手机又突然响了起来。那是她小学时代的老师，也是现在大赦的高层安艺真铃的电话。
“佐久间没有把星徒开关送过去？”听闻这个消息，乃木园子脸色大变，“您知道她去了哪里吗？”
乃木园子一直觉得大赦里有内鬼，现在看来就是佐久间珠惠了。她立即骑着为抚子量身定做的摩托车『机械抚子号』赶往研究所。她赶到研究所时，远远地就看到佐久间珠惠提着两个箱子。对方一看到她，马上就往反方向逃跑。乃木园子见状，立即发动油门追上去。
佐久间珠惠跑进了研究所的露天试验场里。乃木园子把车停在试验场的入口。直觉告诉她，这事不会那么简单。她拿出抚子驱动器，变身成假面骑士抚子，跑进试验场里。
试验场里空无一人，但抚子觉得佐久间珠惠并没有逃走。她小心翼翼地一边前进，一边四下观察。很快，她就发现了佐久间珠惠。她下意识地摆出格斗式，但定睛一看，佐久间珠惠已经昏倒在地，手提箱放在旁边，空空如也。抚子确定她真的已经昏迷，便赶紧跑过去。佐久间珠惠被某种丝状物包裹，抚子把手指伸到她的脖子处，发现她还有心跳，并没有生命危险。
突然，抚子的后背遭到什么东西的鞭打。她赶紧转身，却什么也没有发现。为了避免佐久间珠惠受伤，抚子赶紧远离佐久间珠惠，四下观察，寻找敌人的踪迹。
她的后背又遭到敌人的鞭打。她立刻转身，没想到后背又遭到了鞭打。这次，她刚一转身，右脚就被缠住，还没反应过来，就已经被绊倒。她刚要爬起来，就又被一鞭子打倒。看来敌人能够隐身，那她一定就是蝘蜓座星徒了。抚子赶紧往旁边躲开，顺便拿走手提箱，同时也侥幸躲开了攻击，鞭子击中了地面。抚子顺势站起来，细细感受空气的波动和细微的嘈杂声。
“抓到了！”
抚子眼疾手快，抓住敌人的鞭子，猛一发力，将敌人拉过来。她按下火箭开关，右手上出现火箭形状的组件，然后一拳打向敌人的腹部。敌人被打飞，她身上的驱动器和所有开关都掉落到抚子脚边，而敌人也显示出身形——果然是蝘蜓座星徒！抚子一跃而起，在火箭组件的助推下，向蝘蜓座星徒发动飞踢。一声爆炸响起，抚子借助后背的助推装置，从硝烟中脱离，落到之前站的位置。抚子仔细感受着空气的振动，没有感受到蝘蜓座星徒的气息。
“总算是解决了。”抚子长出一口气，关掉开关，取下驱动器，变回乃木园子。她蹲下身，开始整理开关和驱动器。
突然，她听到身后传来一声惨叫。一转头，只见蝘蜓座星徒的胸口被一把刀贯穿，刀一拔出，蝘蜓座星徒便发生了剧烈爆炸。原来蝘蜓座星徒用计躲过了那一脚，准备趁乃木园子不备偷袭她，不成想自己反而倒在了别人的偷袭下。
蝘蜓座星徒开关从硝烟中滚出来，一个身穿黑色西装的男人弯腰捡起星徒开关，按下按钮，开关便随之冒出火花，消失在黑洞中。
“你是……”乃木园子试探着问道。
“你还是先把东西送过去比较好。”对方淡淡地说着，转身准备离开。
“等等！”乃木园子叫住他，“你到底是什么人？至少告诉我名字！”
乃木园子不记得大赦里有这么一号人，她也没跟任何人说自己来了研究所。这个人到底是谁，又为什么知道自己在这里？不管是敌是友，他都是个危险人物。
“我的名字是蛇仓正太。”他回答道。说完，他便无视高温，径自走过还在燃烧着的火焰，消失在因为高热而扭曲的视线之中。
乃木园子回过神来，立即打电话让研究所的人来，把佐久间珠惠带去大赦的医院。蛇仓正太让她赶紧把开关和驱动器送给结城友奈她们，难道……
如果她们面临危险，那自己必须赶紧过去。她立即坐上『机械抚子号』，通知大赦准备交通工具，准备前往结城友奈她们所在的九州岛。
300年过去，原本繁华的城市，也变成了一片废墟。大楼的墙壁上爬满藤蔓，蝙蝠躲藏在楼道里的阴暗角落，壁虎藏在狭窄的缝隙里休息。受惊的老鼠从结城友奈和东乡美森的脚下跑过。她们受大赦的指派，来到这里确定情况。
“看样子没有什么危险的东西呢。”结城友奈说道。
话音刚落，一阵脚步声便从两人身后掠过。她们立即回头看去，但身后什么都没有。
“是错觉吗？”东乡美森疑惑地说道。
两人继续向废墟深处探索。越是深入，她们就越是感觉有东西在跟着她们。但目前在当地的废墟里并没有发现任何凶猛野兽的痕迹，不过，她们还是准备好了武器。
果然，没走多远，一只狼一般的生物突然出现在她们面前。两人立即用枪对准对方。
“那是……狼人？”结城友奈发现这只怪物并不是真正的狼。
“最好不要惹到它，我们慢慢往后退。”东乡美森说道。
面对野兽，这么做或许是正确的。但那家伙并不是野兽——见两人后退，那只怪物竟然直接扑了过去。两人赶紧开枪，但子弹对那怪物完全没法造成伤害。
好在，正在怪物要抓到两人时，一个戴着帽子、身穿皮夹克的男性突然出现，一记飞踢将怪物踢飞出去。
“你是什么人？”那只狼型怪物爬起来，居然开口质问对方。这着实让结城友奈和东乡美森惊讶得目瞪口呆。
“我吗？我的名字是凯，红凯。”
说完，红凯脱下帽子扔到一边，冲上去，一拳击中那只怪物的胸口，竟打得那怪物连连后退。
“放弃吧，小犬座星徒，我不会让你伤害无辜的人！”
“那你就试试看吧！”
小犬座星徒扑上去，试图压倒红凯，没想到他虽然后退了几步，却依然站得稳稳当当。不仅如此，他反而还控制住了小犬座星徒的手臂，令其无法动弹。见结城友奈和东乡美森还没跑远，他赶紧把小犬座星徒推开，令其远离两人。
乃木园子此时骑着摩托车赶到这座废墟的入口处，正好撞见结城友奈和东乡美森。
“小园？你怎么在这里？”结城友奈问道。
“我是来送你们礼物的。”乃木园子说着，打开摩托车的后备箱，把两个驱动器和对应的开关递给两人。
“这是什么？”东乡美森问道。
“这是用来对付名叫‘星徒’的怪物的设备。”乃木园子说道，“是不是有怪物袭击你们？就先看看我战斗的英姿吧！”
说着，乃木园子穿上抚子驱动器，按下开关，变身成假面骑士抚子，冲进了废墟。
“我们也快跟上去吧，东乡！”虽然不明白是怎么回事，但结城友奈还是决定跟上去。
“等等，友奈……”
没等东乡美森说完，结城友奈就已经跟了上去，她也只好紧跟上去。
小犬座星徒已经败下阵来，变成人形，连站起来都费劲，只能单膝跪在地上。
“你到底是什么人？明明没有变身，居然……”
“你想看我变身？那是不可能的。”
这个时，抚子赶到附近，四下观望，发现了他们：“找到他们了！”
见抚子赶来，小犬座星徒的变身者自知自己不是对手，干脆放手一搏，就按下开关。谁知，小犬座星徒胸前的蓝色球体突然发出亮光。强大的冲击波从小犬座星徒身上爆发出，红凯趁机从窗外跳走，抚子则往后滑出好一段距离。当冲击波消失后，抚子却惊讶地发现，小犬座星徒已经完成蜕变，进化为了天蝎座星徒。
结城友奈和东乡美森赶到现场。天蝎座星徒扑上去，一拳打向抚子，她赶紧交叉双臂抵挡，但还是被打飞出去，两人赶紧接住她。
“哦，你们也来了啊，”抚子甩了甩手臂，“那我们就再次一起战斗吧！”
“当然没问题！”结城友奈说道。
“这个驱动器该怎么用？”东乡美森问。
“把开关安进去再启动就没问题了。”
结城友奈和东乡美森按照她的指示，把开关安进驱动器，按下按钮。
“3、2、1——”
“流星，准备——”
结城友奈拉动把手，卌骑驱动器喷出蒸汽，她的身上被银光环绕；东乡美森推下推杆，蓝色的光球将她包围。光芒散去，假面骑士卌骑与假面骑士流星登场！
天蝎座星徒从后脑伸出细长的钩子，刺向三人。她们借助后背的助推器躲开。卌骑通过后背的喷射装置，从正面跃向天蝎座星徒，一拳打去。天蝎座星徒往后跳开，卌骑便冲上前去，连续挥拳攻击。天蝎座星徒借助化劲，推开卌骑的拳头。卌骑一个扫堂腿打去，天蝎座星徒跃起躲避，没想到流星和抚子却趁其滞空的时候，一记飞踢将她打飞。
卌骑拿出跳跃器开关，更换钻头开关。流星推动火星推杆，右臂便出现火星样的拳套。抚子按下火箭开关，右臂出现火箭组件。两人挥拳猛击天蝎座星徒。天蝎座星徒虽然挡住了拳击，但两人却借助后背的助推器，强行将其打飞了好几百米远。流星和抚子立即后退，卌骑借助跳跃器，接连多次踢击天蝎座星徒，最后一脚踢中其胸口，将其打飞出去。墙壁被天蝎座星徒撞破。三人当然也追了出去，天蝎座星徒见状，立即召唤出大量黑色的忍者模样的士兵。
“这些是……”
“这些是十三宫星徒制造的杂兵，不如就叫它们星尘兵吧。”抚子说道。
对付星尘兵显然没什么难度，几分钟不到，它们就全部被消灭了。不过，天蝎座星徒也不见了踪影。三人便取下驱动器和开关。
“小园，‘星徒’到底是什么东西？”东乡美森问道。
“解释起来很复杂，回去再说吧，我们也好好聚一聚。”
说着，乃木园子打开了摩托车的后备箱，三人把驱动器和开关放了进去，驾驶着摩托车离开了战场。
“没看到我放进去的卡牌吗？”红凯站在楼顶，拍着沾了灰尘的帽子，望着她们远去的背影将帽子戴上，“算了，既然你们是假面骑士，那应该不很需要吧。”
他的视线移到旁边，正好对上楼下蛇仓正太的视线。两人没多说什么，只是各自转头离开。
